Jako jedyna uczelnia w Polsce kształcimy przyszłych lekarzy wojskowych w ramach limitu miejsc Ministerstwa Obrony Narodowej. Obecny program nauczania został stworzony na podstawie uaktualnionych programów nauczania dawnej Wojskowej Akademii Medycznej. Oprócz tradycyjnych przedmiotów wymienianych w standardach nauczania dla kierunku lekarskiego zawiera on przedmioty tzw. wojskowo-medyczne i wojskowe. Duży nacisk kładzie się na zajęcia sportowe i rekreacyjne.
Po ukończeniu 6-letnich studiów absolwenci przystępują do stażu podyplomowego, po którym zdają Lekarski Egzamin Końcowy. Wynik tego egzaminu jest podstawą wyboru specjalizacji.
Studenci podchorążowie kierunku lekarskiego w ramach limitu MON:
- podpisują umowę z wojskiem od początku studiów
- umowa zobowiązuje do służby przez 18 lat (6 lat studiów + 12 lat po ich ukończeniu)
- MON pokrywa koszty związane ze studiowaniem oraz utrzymaniem: zakwaterowanie, wyżywienie, umundurowanie
- studenci otrzymują comiesięczny żołd